這項新的基因檢測技術可區(qū)分基因突變的父母來源

　　當前某些疾病的遺傳風險測試(如腫瘤的遺傳風險)成為生物學與臨床醫(yī)學開發(fā)的熱點。當發(fā)現(xiàn)某個人攜帶疾病的遺傳風險位點時，往往需要知道這個風險位點是來自父親還是母親，這是就要進一步測定父母攜帶的遺傳位點，往往帶來經(jīng)濟負擔。一旦父母已逝世，將不能得到這部分信息。對于某些遺傳性腫瘤，知道這些突變來源于父母哪一方對于判定發(fā)病風險很關鍵。例如攜帶SDHD或SDHAF2基因的突變體的人一生中罹患某些癌癥的風險非常高，但前提是缺陷基因是從他們的父親那里遺傳的。如果是從母親那里遺傳的，患者的風險不會增加。對于那些有風險的人，他們將面臨一生的定期篩查和檢測，以盡早識別腫瘤。然而，對于一些帶有變異的個體，家庭成員無法幫助識別該變異是從哪個父母那里遺傳的。

　　由加拿大BC癌癥邁克爾·史密斯基因組科學中心(GSC)的Vahid Akbari和Steven Jones博士以及BC癌癥研究所Terry Fox實驗室的Vincent Hanlon和Peter Lansdorp博士率先提出了一種鑒定同源染色體的方法從母親或父親那里繼承而不使用父母的數(shù)據(jù)。

　　該方法依賴于母代和父代的階段性DNA甲基化以及DNA序列的染色體長度定相。對五個三聯(lián)體的測試表明，該方法可以正確推斷所有常染色體的起源親本，SNV的失配錯誤率為0.31%。這項新的測試證實了患者體內(nèi)是否存在易患癌癥的基因變體，并可以確定該變體是從母親還是父親那里遺傳的。該研究發(fā)表在2022年12月份細胞基因組學雜志(Cell Genomics)。

　　人類基因組中有數(shù)百個基因座的等位基因根據(jù)其親本的不同而不同的甲基化起源這些印跡基因座通常在組織、個體和群體中表現(xiàn)出很小的差異。研究表明這些基因座可用于區(qū)分所有人類常染色體的母系同源物和父系同源物而不需要親本DNA。研究者將甲基化檢測納米孔測序與Strand seq數(shù)據(jù)中的長程相位信息，以確定染色體長度的起源親本五個具有不同遺傳背景的三聯(lián)體中DNA序列和DNA甲基化的單倍型。對于所有常染色體，正確推斷出了起源的雙親，平均錯配錯誤率為0.31%SNVs和1.89%的插入或缺失(indels)。該方法可以確定遺傳性疾病等位基因是來自母親還是父親，這將改善診斷以及許多遺傳疾病的管理。

　　在癌癥遺傳風險預測中，將起源父母指定為癌癥變體，可以快速識別出可能存在風險的其他家庭成員，將有助于通過專注于預防工作來挽救生命。同時將消除其他遺傳基因攜帶者不必要的心理負擔。該檢測方法明顯益處和主要臨床效用致病性變異，更廣泛地說，建立具有精確的親本分離的染色體長度單倍型基因組變異具有廣泛的應用。

　　參考文獻：

　　1.Researchers develop an improved hereditary cancer test。https://www.sciencedaily.com/releases/2022/12/221221165112.htm

　　2.Vahid Akbari, Vincent C.T. Hanlon, Kieran O’Neill, Louis Lefebvre, Kasmintan A. Schrader, Peter M. Lansdorp, Steven J.M. Jones. Parent-of-origin detection and chromosome-scale haplotyping using long-read DNA methylation sequencing and Strand-seq. Cell Genomics, 2022; 100233 DOI: 10.1016/j.xgen.2022.100233